Santoso, som svor trohet till den extrema jihadiströrelsen IS 2014, har varit landets mest eftersökte upprorsledare och finns på USA:s globala terrorist-lista.

– Det är definitivt Santoso, säger Rudy Sufahriadi, polischef för centrala Sulawesi, efter att personer som stridit tillsammans med Santoso bekräftat identiteten på den döde.

En regeringstjänsteman sade tidigare till Reuters att man "till 99 procent" var säkra på att Santoso var död.

Santoso har varit verksam på ön Sulawesi där han har lett en liten gerillagrupp som bekämpar regeringen. Hans död ses som en stor seger för regeringen. Santosos grupp genomförde en rad dödliga attacker mot regeringens säkerhetsstyrkor och blev känd för att man tränade rebeller från andra delar av Indonesien.

President Joko Widodo satte förra året in större resurser för att få fast Santoso och gav order till militären att hjälpa polisen i jakten på rebelledaren. Stridsflygplan och krigsfartyg har satts in för att gripa eller döda Santoso.

Indonesien är världens största muslimska land och extrema islamistiska rebeller har utfört sporadiska attacker de senaste 15 åren.